Нерестится налим небольшими стайками, состоящими из самки и нескольких самцов. Икрометание происходит при температуре воды около 1-3 градусов. При больших морозах нерест протекает активнее, при оттепелях растягивается на месяц и более. Плодовитость налима очень высокая, у особей крупных размеров достигает миллиона икринок и более. Однако выживаемость икринок и личинок мала. Большое количество икры поедается другими рыбами, а часть и самим налимом.

За добычу налима обыкновенного в сроки запрета на его вылов предусматривается административная ответственность в виде штрафа до 30 базовых величин либо уголовная, если будет добыто более трех особей этого вида. За каждую пойманную особь налима в период нереста придется выплатить 27 базовых величин в качестве возмещения причиненного природе вреда.